南瓜子本身不含胆固醇，但脂肪含量较高，过量摄入可能对血脂产生影响。胆固醇一般存在于动物性食物中，而南瓜子属于植物性食物，因此不会直接增加胆固醇水平。
南瓜子的脂肪以不饱和脂肪酸为主，例如亚油酸和油酸，这类脂肪酸有助于调节血脂代谢。适量食用南瓜子可能对心血管健康有益。但每100克南瓜子的脂肪含量可达40~50克，长期大量摄入可能导致总热量超标，间接影响脂质代谢平衡。此外，市售的盐焗或糖制南瓜子可能含有较多的钠或添加糖，需注意选择原味产品。
日常食用南瓜子建议控制在每日一小把（约20~30克）为宜。对于已存在高脂血症或需要控制体重的人群，更需注意摄入量。若对自身血脂水平存在担忧，可定期进行血脂检测，并在营养科医生指导下制定个性化饮食方案。