水蜜桃核本身含有微量苦杏仁苷，在未经咀嚼或破损的情况下通常不会导致中毒。但若核仁被咬碎或大量摄入，可能因释放氰化物而产生潜在风险，需根据具体摄入情况判断。
水蜜桃核外层坚硬的种壳包裹着内部种仁，完整吞入的种仁由于种壳保护，通常不会被人体消化吸收，也不会释放毒性物质。但若刻意咬碎或咀嚼种仁，其中的苦杏仁苷可能在胃肠道水解生成氢氰酸，超过安全剂量可能引起头晕、恶心等中毒反应。日常偶尔误吞完整桃核无需过度担忧，其可随粪便自然排出。
建议避免让婴幼儿接触桃核以防误吞呛咳，若发现咀嚼后大量摄入或出现异常症状，应及时就医处理。日常食用水蜜桃时去除果核是最安全的做法。