亚麻籽通常可以生吃，但需注意食用量和自身消化情况。生亚麻籽含有一定氰苷类物质，过量摄入可能影响健康，建议根据体质适量食用。
亚麻籽外壳较为坚硬，直接生吃可能导致消化不完全，部分人群可能出现腹胀、腹痛等消化不良症状。咀嚼不充分时，其营养成分如α-亚麻酸等可能无法被充分吸收。对于胃肠功能较弱者，建议研磨后食用更有利于营养物质的释放和吸收。
生亚麻籽中含有的微量氰苷在人体内代谢可能产生硫氰酸盐，长期大量摄入可能影响甲状腺功能。日常食用时控制每日摄入量在10-30克范围内较为安全，同时建议搭配充足水分帮助代谢。过敏体质者首次食用应少量尝试，观察是否有皮疹、瘙痒等过敏反应。
日常储存亚麻籽需密封避光，避免潮湿环境导致霉变。如选择生食，建议优先选用经过灭菌处理的包装产品。特殊人群如孕妇、甲状腺疾病患者食用前应咨询医师，确保食用安全。
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