苦杏仁一般有毒。其毒性主要来源于所含的苦杏仁苷，在人体内水解后会产生氢氰酸，可能引起中毒反应。
苦杏仁中的苦杏仁苷属于氰苷类化合物，在肠道消化酶的作用下会分解生成氢氰酸。氢氰酸可抑制细胞呼吸链中的细胞色素氧化酶，导致组织细胞缺氧，从而引发中毒症状。轻度中毒表现为恶心、呕吐、头晕，重度中毒可能引起呼吸困难、意识丧失甚至危及生命。若误食后出现不适，应立即前往急诊科就诊，医生可能使用硫代硫酸钠等解毒剂进行抢救。
日常应避免直接食用未经处理的苦杏仁，儿童需特别注意防止误食。如需用于中药治疗，应在专业医师指导下严格炮制后使用，通过煎煮等工艺可有效降低毒性成分含量。储存时应放置在儿童无法触及的位置，避免与普通食品混淆。