南瓜内部发芽一般不能吃，食用后可能会加重胃肠道负担。如果食用后出现异常情况，建议到医院检查，遵医嘱进行针对性治疗。
正常情况下，南瓜内部不会出现发芽的情况，南瓜内部种子发芽可能是存放时间较长导致的，如果南瓜存放时间过长，并且表皮或果肉出现了腐烂、长毛、发霉等变质现象，一般不能食用。因为变质的南瓜已经被细菌污染，可能产生大量的有毒物质，食用后容易引起胃肠炎、食物中毒等情况，主要表现为腹痛、腹泻、呕吐等。
南瓜不耐储存，容易变质。因此，在购买或采摘南瓜后应尽快食用，以保证其新鲜度和营养价值。如果需要将南瓜储存一段时间，应将其放置在阴凉、通风、干燥的地方，避免阳光直射和潮湿环境，以延长南瓜的保鲜期。
在日常生活当中，建议多吃新鲜的食物，避免食用腐烂或变质的食物，以免对身体健康造成影响。