药用木瓜通常可以生吃或者煮熟食用。生吃时，其所含的木瓜蛋白酶可以帮助消化，而煮熟后则能减少这种酶的活性，更适合消化不良的人群。木瓜中丰富的维生素和矿物质，对维持身体健康有积极作用。
木瓜的吃法多样，可以单独食用，也可以与其他食材搭配。例如，木瓜可以切片后加入沙拉中，或者与牛奶、蜂蜜等一起打成果汁饮用。此外，木瓜也可以切块后与肉类一同炖煮，这样不仅能增加菜肴的风味，还能帮助肉类的消化。不过，木瓜中的某些成分可能会与某些药物发生相互作用，因此在服用药物期间，最好咨询医生或营养师的建议。
在日常饮食中，适量食用木瓜对健康有益。如果出现消化不良或其他不适症状，应及时就医，并在医生指导下调整饮食或用药。