甲鱼可能会引起过敏反应，具体是否过敏通常与个人体质有关。部分人群食用甲鱼后可能出现皮肤瘙痒、红肿或胃肠道不适等症状，尤其是有海鲜或高蛋白食物过敏史的人群需谨慎。
甲鱼含有异体蛋白，这类蛋白质可能被人体免疫系统识别为外来物质，从而引发过敏反应。过敏体质者的免疫系统较为敏感，容易对甲鱼中的特定成分产生抗体，导致组胺释放并出现皮疹、呼吸困难等症状。若既往存在鱼虾类食物过敏的情况，过敏风险会进一步升高。
食用甲鱼前可先尝试少量，观察是否出现异常反应。一旦发生过敏症状，应立即停止食用并用清水漱口，必要时在医生指导下服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗组胺药物。日常应避免同时摄入其他高致敏性食物，如虾、蟹等，以降低过敏概率。