婴儿头顶囟门凹进去，一般可以在医生的指导下使用药物或静脉滴注的方式进行治疗。
1、使用药物：正常情况下，婴儿的头顶囟门平坦，一般不会出现凹陷的现象，如果婴儿出现哭闹或腹泻、呕吐等病症导致脱水时，可能会造成头顶囟门凹陷的症状。建议在医生的指导下使用止泻以及调节肠道微环境的药物进行治疗。
2、静脉滴注：如果婴儿脱水严重，也会造成头顶囟门凹陷的现象，建议及时在医生的指导下，通过静脉滴注的方式进行体液补充。