坐飞机时耳朵疼可能是气压变化、耳咽管功能障碍或耳部疾病等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.气压变化：飞机起飞和降落时，气压变化较大，可能导致耳膜内外压力不平衡，引起耳朵疼痛。此时可尝试吞咽、打哈欠等动作，帮助耳咽管开放，缓解耳压。
2.耳咽管功能障碍：上呼吸道感染时，耳咽管可能受炎症影响，出现功能障碍，导致耳内压力无法有效调节，引起耳痛。治疗上可使用生理盐水鼻腔喷雾、口服解热镇痛药物如布洛芬、对乙酰氨基酚等缓解症状，必要时需遵医嘱使用抗生素。
3.耳部疾病：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病也可能导致坐飞机时耳痛。治疗上需针对病因，使用抗生素如阿莫西林、头孢克洛等控制感染，同时可使用消炎止痛药物如双氯芬酸钠、布洛芬等缓解疼痛。
除以上原因外，还可能与个人体质、耳部解剖结构等因素有关。平时注意耳部卫生，避免用力擤鼻涕，感冒时及时就医，可减少耳痛发生。如耳痛持续不缓解，建议尽早就医，明确病因，及时治疗。